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關於肥料的選擇，若以市面上可以容易取得者作考量，水溶性濃縮肥料的速滋(Schultz) 與花寶，還有小顆粒狀裹覆複合肥料的好康多(Hi-control)與魔肥都是很經濟的，對於所有的水生植物的增長也都有著不錯的效果。前者為粉末狀成品，習慣是作為栽培管理上的追肥使用，也可以混入栽培土中作基肥，只是肥力持續的時間短；後者也是濃縮肥料的一類，是不具異味的，與一般的加工有機肥料如雞屎肥、豆餅肥等完全不同，一般只是混入栽培土中作為基肥，肥力持續的時間長，至少可達三個月之久。
對於大面積或農業性的水生作物的栽培如蓮(照413)、菱角、茭白筍……等等，都是採露天且為大片水域的粗耕型式，與家庭式的植物栽培必須注重居家環境品質之維護自然是有所不同，肥料的使用與選擇方面，就不若前述般的要求了；已知的習慣，農家或是園藝經營家們都是直接諮詢各地農會大量洽購，是既經濟又實惠的作法，肥料的選取則以各種的有機肥料為主，除了混入栽培基地的土壤中作為基肥外，後期管理的追肥也是直接撒施於田間。
當然，在肥料的用量上，往往會因為製造廠商的不同而有所差異，相關的使用說明亦會標示在肥料的包裝外觀上，或是另附使用說明書，可以參照使用之。
二、水生植物的管理
種植水生植物的方式，因目的而有所不同，不過，仍跳脫不了缽植與庭植這兩種。在保育育種的前題下，缽植通常是採一單位單一物種栽培，而使用的盆缽則為不漏水也不透水的盆器，在考量方便與經濟的原則，各種尺寸的塑膠箱桶(照414)確實是不錯的選擇；雖然，塑膠箱桶或許在長期日光曝曬下容易變質而脆化，單一個的使用壽命仍然至少可以維持在二至三年，小型塑膠箱桶甚至可以使用得更為長久，更換的比率其實並不高；就保育水生植物的固定投資看來，仍是相當精省的，又由於質地輕便，也確實使得後期的管理作業如換盆
、分株、修剪、搬遷等，十分地方便進行。
(一)、清潔
經過長期的實際栽培後，歸納了種植水生植物最方便的流程。當物種自野外採集獲得，或直接經由交換與採購所得，都必須再以清水確實沖洗一番，並浸泡於遮蔭下的淨水槽中一、兩天，以觀察是否已有絲狀藻的污染；如已遭絲狀藻污染，便必須進行除藻的手續。除藻對於沉水型的水生植物是很重要的，一旦沉水植物遭到大量藻絲纏繞，生活所需的光照量與光質都會不足，植物體的生理生長亦會受到嚴重的影響，許多物種更會因此而衰亡。為避免物種受到太大的物理或化學藥劑的傷害，除藻最好是以手工方式進行；通常是直接將植物體置於水中，仔細觀察是否纏繞或附著有藻絲，有，即將藻絲清除或將著生有藻絲的部分剪除。如果藻絲無法清除完全，亦可以先進行馴養，再重複地切取枝條上部的新生段育苗，最終也可以得到不受絲狀藻污染的個體。關於挺水型與漂浮型的水生植物，在種植與管理的過程中，大多都比較不怕絲狀藻的污染；前者通常是採取淺水養植，一旦水中有了大量的絲狀藻，往往只要在固定的時間裏，將藻絲大量撈除即可，對水生植物的生長影響不大；後者則由於植物體已將水面覆蓋，水中環
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