福山及六龜試驗林土壤二氧化碳之釋放通量平均分別為0.11及0.22 g CO2 m-2hr-1，氧化亞氮則分別為0.11及0.063 mg N2O m-2hr-1。六龜人工林及天然林大氣中，人工林5公尺高大氣CO2濃度較天然林為低(約16 ppm)。福山試驗林一號及二號集水區森林土壤有機碳總量分別為2,170及3,149噸；而六龜試驗林之人工林與天然林土壤有機碳總量分別為146,080及1,115,454噸，其佔該森林碳匯之可能比重分別為67.3及50.6%。
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