第一節　第四林務局時期

原屬臺灣省政府農林廳建制之林務局，因臺灣精省廢廳而自民國88年7月起改制為行政院農業委員會林務局，是為「第四林務局時期」。

林務局改隸中央後，首度（88.07.17）簡報資料：(1)臺灣地區林地總面積2,102,400公頃（占全區總面積58.5％），其中國有林面積1,569,100公頃（占全林總面積74.6％），林木蓄積量35,874萬m3。(2)本局內部編制為森林企畫、林政管理、集水區治理、造林生產、森林育樂等組，行政、會計、人事、政風等室；附屬機構有羅東、新竹、東勢、南投、嘉義、屏東、臺東、花蓮等林區管理處（轄34工作站，另海岸防風林工作站），以及農林航空測量所。(3)本局及附屬機構之編制員額為職員1,379人，工員2,460人（技工、工友183人，士級人員之技術士1,949人及業務士148人，未補實榮民180人），合計3,839人；實用職員1,229人及工員2,243人，合計3,472人。(4)改制後年度（88.7─89.12）預算編制：加強森林經營管理項46億9,503萬元，加強造林與撫育項21億6,180.8萬元，發展森林遊樂項1億9,401.1萬元，合計70億5,084.9萬元。(5)業務發展基金，原為造林貸金與森林遊樂及森林鐵路作業基金合併而成，本年度（88.7─89.12）預算：作業總收入9億3,522.1萬元，總費用8億1,092.2萬元，收支相抵後結餘1億2,429.9萬元。

農委會組織編制原有林業處，轄森林、水利、保育、水土保持4科；因應農委會組織調整，原林業處森林科及保育科所辦理之一般林務暨「文化資產保存法」中自然文化景觀章與「野生動物保育法」等自然保育業務，自民國93年2月起由林務局承接辦理。林務局亦因應調整其業務單位為森林企畫組（計畫、調查及資訊科），林政管理組（林地、保林及推廣科），集水區治理組（保安林、治山及林道科），造林生產組（造林、林產及輔導科），森林育樂組（遊樂及服務科），保育組（任務編組，原森林育樂組之保育科併入）；農業委員會之終極目標，為成立「森林及自然保育署」以取代「林務局」。同年（民國93年）7月起，內政部警政署成立「森林暨自然保育警察隊」，任務編組之隊員總額178名，擬於3年內使成員80％能由原住民族警員充任足額。

民國94年12月起，林務局承接任重道遠之全臺自然保育業務，並於95年11月24日奉准修正組織編制，於森林育樂組增設設施管理科，保育組（任務編組）增設棲地經營科，原保育科更名為野生物保育科。民國95年12月起，林務局因應自然保育業務涉及國際交流頻繁，前此任務編組方式運作究非常態，再奉准修正組織編制，保育組以原名正式列為編制單位，本局專業單位成為森林企畫、林政管理、集水區治理、造林生產、森林育樂、保育等6組。