國土生態綠網透過兼顧生活、生產與生態的多元策略方法，修補臺灣淺山平原破碎的棲地。這樣的空間尺度，亟需要跨越不同專業、單位與空間的跨域合作。因此，除了整合農業部各單位的技術資源外，林業保育署更於108年與水利署、109年與公路局及高速公路局、111年與鐵道局分別簽署「國土生態保育綠色網絡合作協議」，並與交通、水利、內政、國有土地、公共工程等跨部會機關建立合作機制，透過多元管道及平台將綠網建置資料導入各合作部會之相關計畫，共同以綠帶及藍帶營造安全生物網。本計畫由農業部林業保育署、農田水利署、農糧署、漁業署、農村發展及水土保持署、農業改良場、農業試驗所、林業試驗所、生物多樣性研究所、水產試驗所、農業藥物試驗所、茶及飲料作物改良場負責執行，並協作經濟部水利署、內政部國土管理署、國家公園署、交通部公路局、高速公路局、鐵道局、觀光署、原住民族委員會、財政部國有財產署、國營臺灣鐵路股份有限公司、台灣糖業公司、國軍退除役官兵輔導委員會等單位成立跨部會平臺，針對不同保育課題共同研議行動方案，將理念化為實際行動。
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